بخش دوم: اعدام‌ها حکم حضرت امام (رحمة الله علیه) بود یا رئیسی؟
همزمان با تجاوز منافقین به خاک ایران از مرزهای زمینی عراق در سال 1367، برخی از منافقینی که در زندان بودند به‌طور تاکتیکی اعلام توبه کردند و به آشوب و آتش زدن زندان‌ها دست زدند تا به گمان خود با رسیدن منافقین، اشغال تهران را کامل کرده و کار را یکسره کنند.
در پی این اقدام امام(ره) صراحتا فرمودند آنهایی‌که بر سر موضع هستند مهدورالدمند و باید محاکمه و مجازات شوند. به‌دنبال نظرخواهی از امام(ره) ایشان حکمی به این شرح صادر فرمودند:
«از آنجا که منافقین خائن به‌هیچ‌وجه به اسلام معتقد نبوده و هرچه می‌گویند از روی حیله و نفاق آن‌هاست و به اقرار سران آن‌ها از اسلام ارتداد پیدا کرده‌اند، با توجه به محارب بودن آن‌ها و جنگ کلاسیک آن‌ها در شمال و غرب و جنوب کشور با همکاری‌های حزب بعث عراق و نیز جاسوسی آن‌ها برای صدام علیه ملت مسلمان ما و با توجه به ارتباط آن‌ها با استکبار جهانی و ضربات ناجوانمردانه آنان از ابتدای تشکیل نظام جمهوری اسلامی تاکنون، کسانی‌که در زندان‌های سراسر کشور بر سر موضع نفاق خود پافشاری کرده و می‌کنند محارب و محکوم به اعدام می‌باشند و تشخیص موضوع نیز در تهران با رای اکثریت آقایان حجت‌الاسلام نیری قاضی شرع و آقای اشراقی دادستان تهران و نماینده‌ای از وزارت اطلاعات می‌باشد. گرچه احتیاط در اجماع است، و همین‌طور در زندان‌های مراکز استان رای اکثریت آقایان قاضی شرع، دادستان انقلاب یا دادیار و نماینده وزارت اطلاعات لازم‌الاتباع می‌باشد، رحم بر محاربین ساده‌اندیشی است، قاطعیت اسلام در برابر دشمنان خدا از اصول تردیدناپذیر نظام اسلامی است، امیدوارم با خشم و کینه انقلابی خود نسبت به دشمنان اسلام رضایت خداوند متعال را جلب نمایید، آقایانی که تشخیص موضوع برعهده آنان است، وسوسه و شک و تردید نکنند و سعی کنند اشداء علی الکفار باشند. تردید در مسائل قضایی اسلام انقلابی نادیده گرفتن خون پاک و مطهر شهدا می‌باشد. والسلام.»
با صدور حکم امام(ره) تردیدی در وضعیت نهایی برخی از اعضای منافقین که روزهای پایانی زندان خود را می‌گذراندند و اینکه وضعیت این افراد آیا با منافقین جدید دستگیرشده در نامه امام(ره) صدق می‌کند یا نه ایجاد شد. این تردید تا جایی پیش رفت که مرحوم حاج سید احمد خمینی طی نامه‌ای از امام(ره) در خصوص افراد یادشده سوال می‌کند و این‌گونه پاسخ می‌گیرد: «بسمه‌تعالی در تمام موارد فوق هرکس در هر مرحله اگر بر سر نفاق باشد حکمش اعدام است. سریعا دشمنان اسلام را نابود کنید. در صورت رسیدگی به پرونده‌ها در هر صورت که حکم سریع‌تر اجرا گردد همان موردنظر است.»
امام‌خمینی(ره) اول بهمن‌ماه 1367 در نامه‌ای به شورای عالی قضایی چنین نوشتند: «کلیه پرونده‌هایی که تاکنون در آن شورا با کمال تعجب راکد مانده است، و اجرای حکم خدا تأخیر افتاده است، در اختیار حجج اسلام آقایان نیری و رئیسی قرار دهید تا هرچه زودتر حکم خدا را اجرا نمایند که درنگ جایز نیست. به آقایان نیری و رئیسی هم سفارش اکید می‌نمایم که جهات شرعیه را کاملا رعایت نمایند.» [لینک به پرتال امام خمینی]
بدین‌ترتیب ملاحظه می‌شود که حکم برخورد با منافقین و محاکمه آن‌ها مستقیما از سوی امام(ره) صادر شده و دستگاه قضایی مجری حکم رهبر کبیر انقلاب بوده است.
و من اضافه میکنم این حکم کاملا به جا و درست صادر شده بود با توجه به فضا و شرایط آن زمان و اینکه منافقان از عملکرد خویش پیشیمان نبودند.
